特に初心者の時は、何もかもわからないまま本やマニュアルなどに言われるがままに操作しているので、フォルダができてたりファイルをダウンロードしてたり、わけがわからない状態になっていることが多いものです。（まさに自分が今その状態w）
しかしながら、自分自身がある程度のレベルになってくると、そんな現状の環境に納得いかなくなることもあるかもしれません。
そんな時はゼロからやり直してみたらどうでしょう。
仮想マシンを除去する方法
1.VirtualBoxで対象（ゴチャゴチャなので何とかしたい）の仮想マシンが起動中だったら「右クリック→閉じる→電源オフ」しましょう。
2.対象仮想マシンがこの状態なら準備完了です。ちなみにVirtualBox自体を立ち上げてない方は立ち上げて下さいね。（この状態になるはず）
3.対象仮想マシンの上で「右クリック」するとメニューの中に「除去」というのがありますので、それをクリックします。
4.「仮想マシンを除去しようとしています」というメッセージが出るので、「すべてのファイルを削除」ボタンをクリックしたら、完了です。
ちなみに「除去のみ」にするとファイルは残ったままになりますので、「こんなゴチャゴチャな環境はいや！」という方は「すべてのファイルを削除」を選ぶようにしましょう。
最後に
この作業を行うと、今まで「ローカル開発環境」で行なってきたものが全部なくなってしまいます。 （当たり前ですが）
ソフトやパッケージをインストールしたりサーバーの設定を変更したり、今と同じ環境にするのは結構面倒かもしれませんが、 特に初心者の方にはそれもまた勉強ということで、ある程度の知識レベル（初心者→中級者）になったら、一度仮想マシンの再セットアップを行なってみても良いかもしれませんね。
※あくまでも個人的見解です。
